刘巧泉博士长期从事作物遗传育种的教学与科研工作，曾在香港中文大学和美国堪萨斯州立大学等开展合作研究。

　　水稻是我国最重要的粮食作物，高产与优质是水稻育种的两大最主要目标。自参加工作以来，刘巧泉博士一直从事水稻重要品质性状遗传及其分子改良的应用基础研究，主持国家重大科学研究计划课题、国家自然科学基金国际合作重点课题、国家转基因重大专项重点课题、江苏省杰出青年基金等20多项重要课题，形成了稳定的研究方向，领导的“水稻优质性状的分子调控”团队于2014年入选江苏省高校优秀科技创新团队。 近年来，在国家基金和重大科学研究计划等资助下，重点在稻米食味品质性状遗传调控网络、高抗性淀粉形成的结构学基础、食味与营养品质分子改良等方面开展了较为系统的研究工作，取得了一系列创新性研究成果。研究工作对我国水稻遗传改良，特别是品质性状的分子改良具有重要理论指导和技术支撑作用。已在PNAS、PLoS Genetics、JXB、Plant Biotech J、TAG等杂志上发表论文130多篇、其中SCI论文70多篇；申请和授权发明专利17项，作为主要完成人获省部级奖励2项；相关研究获得国内外同行认可，应邀在国际淀粉圆桌会议、美国谷物科学学会年会等重要国际学术会议上作会议报告10余次。

　　作为主讲教师，为研究生和本科生开设了《植物分子生物学》、《作物优质育种原理与实践》、《高级遗传学》、《植物生物技术导论》等多门课程；积极投身教研教改，荣获扬州大学课堂教学质量奖，主讲的《高级遗传学》入选江苏省优秀研究生课程；以主要参加人身份获江苏省研究生培养模式改革成果二等奖和扬州大学教学成果奖一等奖各1项。已先后指导培养研究生50余名，指导的本科生课外学术科技作品、本科生和硕士研究生毕业论文多次荣获全国“挑战杯”竞赛一等奖、江苏省优秀本科毕业论文、江苏省优秀硕士学位论文等奖励，并多次获评为“全国大学生课外学术科技作品竞赛优秀指导教师奖”、“江苏省优秀硕士毕业论文指导教师”、“江苏省优秀本科毕业论文优秀指导教师”、“扬州大学大学生课外学术科技活动优秀指导教师”、“扬州大学本科毕业论文优秀指导教师”、扬州大学“最受学生欢迎的班主任”等称号。

　　自2010年以来，刘巧泉教授先后农学院副院长、院长，植物功能基因组学教育部重点实验室主任等职，能领导并团结学科团队成员，强化与国内外著名科研院校的科研协作，作为主要负责人申报的江苏省作物学优势学科、江苏省作物遗传生理国家重点实验室培育点、江苏省粮食作物现代产业技术协同创新中心、教育部国际合作联合实验室等相继获得立项建设，为学校作物学等学科的建设发展发挥了重要作用。目前还兼任教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室常务副主任、作物学江苏省优势学科带头人、国家植物基因研究中心（上海）管委会副主任、中国生化与分子生物学会农业分会理事、江苏省农学会常务理事、《J Sci Food Agri》和《作物学报》编委、澳大利亚昆士兰大学农业与食品创新联盟荣誉教授等职。

　　先后入选国家“百千万人才工程”、科技部“中青年科技领军人才”、教育部“新世纪优秀人才支持计划”、教育部“霍英东教育基金”、江苏省杰出青年基金、江苏省“六大人才高峰”、江苏省"333人才工程"第二层次等培养对象；荣获国家“有突出贡献中青年专家”、江苏省优秀科技工作者、中国农学会青年科技奖、全国优秀博士学位论文提名奖等荣誉，享受国务院特殊津贴。